Ammattiliitto Jytyn ylintä päätösvaltaa käyttää liiton jäsenistä koostuva liittovaltuusto. Toimeenpanevana elimenä on liittohallitus, jonka puheenjohtajana toimii liiton puheenjohtaja.
Liiton toimeenpanevana elimenä toimii 12-jäseninen liittohallitus, joka huolehtii muun muassa sopimus- ja neuvottelutoiminnasta liittovaltuuston päätösten mukaisesti. Hallitus hoitaa liiton omaisuutta sekä valvoo liiton taloudenhoitoa, järjestötoimintaa, viestintää ja koulutustoimintaa. Lisäksi hallitus tekee esitykset liittovaltuustolle. Hallituksen puheenjohtajana toimii liiton puheenjohtaja.
Liittovaltuustossa on 37 jäsentä. Se kokoontuu kaksi kertaa vuodessa, tarvittaessa myös useammin. Liittovaltuusto käyttää liiton ylintä päätösvaltaa ja ohjaa vuosittaista toimintaa. Valtuusto päättää muun muassa sopimustoiminnasta ja sopimusten hyväksymisestä liittotasolla, toiminta- ja taloussuunnitelmista sekä järjestäytymisperiaatteista. Valtuusto valitsee liitolle päätoimisen puheenjohtajan nelivuotiskaudeksi.